オートポリス内には、「コースサイドロッジ」という宿泊施設がある。部屋数は全30室、チェックインは午後３時、チェックアウトは午後10時である。１室あたりの宿泊料金は10,000円（税込、2007年現在）だが、開催イベントによっては料金が変更になる場合もある。このほか、貸し布団代や場内清掃料が必要である。１室には６名まで宿泊でき、ミニキッチンなどもついている。
だが、コースサイドロッジの営業日は限られている。営業しているのは、原則日曜・祝日、およびイベント開催日の前日のみである。また、レースが開催される際には、レース参加者が優先されるので、一般の観客が宿泊できるかどうかは確実ではない。
所定の申込用紙を使うか、サイト上の申込フォームを使って申し込む。
オートポリス周辺には、温泉も多い。各温泉地には旅館などの宿泊施設もあるので、そこを利用する方法もある。おもな温泉は、菊池温泉、阿蘇内牧温泉、阿蘇赤水温泉、黒川温泉などである。施設の詳細などは、各温泉の温泉組合や観光協会などに問い合わせる。
近隣の大きな市として、熊本市内や日田市があげられる。どちらも観光客が多い市であり、さまざまな宿泊施設がある。しかし、熊本および日田市内からオートポリスまでは、移動に約１時間かかる。
